Beim Gesetz zur Neuordnung der Landkreise und kreisfreien Städte des Landes Mecklenburg-Vorpommern vergaß man leider viele Details zufriedenstellend zu regeln, die nun nach und nach zwischen den neuen Landkreisen und den ehemals kreisfreien Städten verhandelt werden müssen. Unter den offenen Punkten befand sich auch die Aufgabenträgerschaft für den ÖPNV, die zuvor die kreisfreien Städte inne hatten. Mit der Bildung des Landreises Vorpommern-Greifswald war dieser nun für die Ausgestaltung und Finanzierung zuständig. Dass in landwirtschaftlich geprägten Regionen ein anderer Bedarf an ÖPNV als in der Kreisstadt Greifswald besteht, ist bekannt, dass die Verwaltung des Landkreises den ÖPNV als Kostenpunkt ansieht und nur das Notwendigste finanzieren will auch. Entsprechend lang zogen sich die Verhandlungen zwischen der Stadtverwaltung und dem Landkreis, die inzwischen einvernehmlich gelöst und durch Kreistag und Bürgerschaft abgesegnet wurden. Die geschlossene Vereinbarung gilt zwar nur bis 2015, sichert aber die Aufrechterhaltung und Finanzierung der drei Buslinien im Greifswalder Stadtgebiet.

Die Aufgabenträgerschaft für den ÖPNV bleibt zwar beim Landkreis, was gesetzlich so vorgeschrieben ist, für die Erbringung der Leistungen auf dem Stadtgebiet wird aber die Verkehrsbetrieb Greifswald GmbH zuständig sein, die unter dem Dach der Stadtwerke Greifswald den steuerlichen Querverbund nutzen und den auftretenden Verlust auffangen kann, der sich in Höhe von gut anderthalb Millionen Euro pro Jahr bewegt. Laut Vereinbarung zahlt der Landkreis Vorpommern-Greifswald vierhunderttausend Euro pro Jahr an die Stadt, was wohl die Kosten des örtlichen Schülerverkehres ausmachen dürfte, so dass zumindest bis zum Ende der Laufzeit für den ÖPNV in Greifswald nichts ändern wird. Laut Gesetz müsste der Landkreis die Verkehrsbetrieb Greifswald GmbH mit einem Vermögensausgleich übernehmen und die auflaufenden Verluste tragen. Da dieser nicht die steuerlichen Vorteile wie die Stadtwerke geltend machen können, wären hier massive Einsparungen fällig geworden, die das Angebot des innerstädtischen ÖPNV auf ein Minimum verringert hätten.